Die Koinonia Johannes der Täufer ist in einzelne Gemeinschaften gegliedert, die sich Oasen nennen. 

Die Oase besteht aus einer Lebensgemeinschaft geweihter Geschwister, einer Familiengemeinschaft, Häusern des Gebets und eventuell örtlichen Realitäten und/oder Lebensgemeinschaften von Familien. Die Oase ist die vollständigste Form von Gemeinschaftsleben. Sie ist durch das Dasein einer zur geweihten Lebensgemeinschaft gehörenden verantwortlichen Person charakterisiert, die sich Hirte nennt, gemeinsam mit geweihten Brüdern und Schwestern und einer Koinonia, die in Häuser des Gebets, Familiengemeinschaften und Dienste strukturiert ist.

Die Realität ist durch die ständige Anwesenheit eines/einer Verantwortlichen, verheiratet oder ledig, die/der sich Koordinator einer Realität nennt, und durch eine Koinonia charakterisiert, die in Häuser des Gebets, Familiengemeinschaften und Dienste strukturiert ist. Die Realität gehört zu einer Oase und wird im Einverständnis mit dem Hirten geleitet.

Das Haus des Gebetes ist der Grundbaustein des Wirkens der Koinonia Johannes der Täufer. Die Mitglieder der Koinonia treffen sich wöchentlich in den eigenen Häusern, in kleinen Gruppen und laden zu diesen Evangelisierungstreffen glaubensferne Menschen ein.

Die Familiengemeinschaft ist eine kleine Bündnisgemeinschaft, deren Mitglieder territorial zusammengefasst werden. In ihren eigenen Häusern lebend, nehmen sie an den Diensten und Aktivitäten der Koinonia teil und treffen sich jeden Monat zum sogenannten „Agapitotreffen“.

Die Lebensgemeinschaft von Familien besteht aus Familien, die den Wunsch nach einem intensiveren Gemeinschaftsleben haben.

In der Lebensgemeinschaft geweihten Lebens leben Brüder und Schwestern nach den evangelischen Räten der Keuschheit, der Armut und des Gehorsams. In einem gemeinschaftlichen Klima teilen sie alles miteinander.

Die unterschiedlichen Koinonien in der Welt sind private Vereine von Gläubigen, die vom örtlichen Bischof angenommen oder kirchlich anerkannt sind. Untereinander sind sie in der Rechtsform einer Stiftung verbunden. Die Fondazione Koinonia Giovanni Battista hat ihren Rechtssitz in Italien und ihren Pastoralsitz in Israel.

Die Fondazione Koinonia Giovanni Battista besteht aus:

• Stifterversammlung
• Verwaltungsrat
• Kollegium der Mitglieder

Die Stifterversammlung besteht aus 5 der ältesten Mitgliedern der Gemeinschaft. Sie haben die Aufgabe das Charisma der Gemeinschaft zu wahren.

Es unterliegt ihrer Verantwortung, die Mitglieder des Verwaltungsrates zu ernennen. Der Verwaltungsrat, dessen Vorsitz der Generalhirte innehat, ist das Führungsgremium der Stiftung.

Zusammen bilden die einzelnen Vereine (Oasen), die von ihrer/m Verantwortlichen vertreten sind, das Kollegium der Fondazione Koinonia Giovanni Battista. Dieses wird regelmäßig, sowohl vom Verwaltungsrat als auch von der Stifterversammlung, in ihren Entscheidungen zurate gezogen.

Die Fondazione Koinonia Giovanni Battista ist rechtlich mit der Koinonia John the Baptist General Foundation, die ihren Sitz in den Vereinigten Staaten hat, verbunden.